食用菌中重金属的来源主要包括栽培环境和基质。栽培环境是指栽培过程中使用较多的灌溉水（如自来水、河塘水等）、覆土材料（一般为就地取的河泥、泥炭、菜园土等）；栽培基质主要包括秸秆、稻草、玉米芯、麸皮、牛粪等农业副产品以及少量的过磷酸钙、石膏等。如果栽培基质中重金属含量高了，首先会抑制菌丝体的生长，进而影响食用菌子实体的生长形态和产量。
