夏、秋均可采收，一般在花未开放前采取。瞿麦栽种后，可连续收割5~6年，每年可收割1~2次。收割应选晴天进行，第1次在盛花期采收，采收时应在离地面3厘米处割下，以利植株重新发芽生长，越冬前收割时可将其齐地面割下。收割后，应将其立即晒干或阴干，除去杂质，打捆包装贮存。