亲缘关系选配即根据公母牛之间亲缘关系的远近来安排交配组合，有意识的进行近亲繁殖或是非亲繁殖。近亲交配可以使隐形有害基因出现，便于淘汰有时偶尔出现有害基因，先淘汰双亲，并停止祖代繁育使用，而以次个体与祖代亲本交配，可以发现交配的后代有无此基因，一旦返现应立即淘汰其亲本，并一直追到较远的世代。